非淋性尿道炎的严重威胁健康，同时会通过性生活进行传播，因此一旦患上非淋性尿道炎应及早到正规医院进行治疗，在治疗非淋性尿道炎时应注意以下这些事项。
非淋性尿道炎的治疗方法。非淋性尿道炎的症状当然并不十分明显，但如果不及时治愈，日久将有出现并发症的危险，因此患病后应及时到有条件的诊治。不要向医生隐瞒病史，也不要自己乱用抗生素，以免延误治疗。只要配合医生治疗，严厉遵守医嘱是可以治愈的。由于衣原体生长周期长，所以应较长期用药，又因这种疾病易与其他病原体混合感染，故此采纳广谱抗生素疗法，具体药物使用需要遵医嘱进行。
疗程结束后1周，如病人仍有症状，应重新检察各种化验项目。仍有炎症存在则需进一步检察是否有阴道滴虫、念球菌或疱疹病毒等病原体感染。如果仍为阳性，则可再治疗一次。如果经过重新治疗后症状仍不消逝，则应该追查其配偶感染的情况及其有无异常性生活习惯，由于反复发作、症状持续不消退的病人多半是与有传染性的性伴维持性接触有关，所以须要对其配偶同时进行治疗和中止不正常的婚外性关系。这是治疗成功的要害。若非淋性尿道炎不经治疗，约70%的患者在6个月内症状可完全消逝，但症状消逝并不意味着疾病已治愈，需经分泌物培养证实。
经过非淋性尿道炎的治疗后，要注意观测治疗的效果。尿道炎的治愈标是：自觉症状消逝，无尿道分泌物，尿沉淀物涂片检察无白细胞出现，碘染色涂片也未见衣原体包涵体等。只有正规的化验结果才是衡量治愈与否的根据，不能单凭以自己的感觉而任意中断治疗。
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